» La Fédération prétend avoir en horreur la tactique de la Section 31, mais lorsqu’elle en a besoin, elle détourne les yeux. C’est un petit arrangement bien rangé, n’est-ce pas? »
– Odo , 2375
La section 31 est le nom d’une organisation clandestine autonome, officiellement non existante et qui prétendait protéger les intérêts de sécurité de la terre unie et, plus tard, de la fédération des planètes unies.
Elle est un peu comparable à l’ordre romulien Tal Shiar ou Cardassien Obsidian . Mais contrairement à ces organisations, l’existence même de la section 31 est un secret profondément enfoui, connu de peu de personnes.
L’aspect le plus sombre de la Section 31 c’est que depuis son existence elle est autonome et fonctionne sans aucune surveillance ni ingérence de Starfleet, lui laissant également la liberté de tuer ceux qu’elle considère comme une menace pour la fédération.
Certains grands amiraux de Starfleet et membres des services de renseignement semblaient parfois vaguement au courant de l’existence de la section 31 sans en connaitre le détails des opérations.
À d’autres époques, la section 31 semblait être un véritable marionnettiste pour Starfleet, dirigeant les actions et même les politiques de la Fédération elle-même.

Histoire
22ème siècle
Le titre de l’organisation provient de la Charte Starfleet , article 14, section 31, qui permettait de prendre des mesures extraordinaires en période de menace extrême. Avant 2151 , Malcolm Reed , un jeune insigne, a été recruté par la Section 31 par l’intermédiaire de l’ancien agent de sécurité de Starfleet , Harris . Lorsque Reed a été affecté à l’Enterprise NX-01 , il n’était plus activement impliqué dans des opérations secrètes.

Cependant, vers la fin de 2154 , alors que Reed enquêtait sur l’ enlèvement du docteur Phlox , il fut de nouveau contacté par Harris. L’organisation de Harris avait conclu un accord secret avec l’ amiral de la flotte klingon Krell , dans lequel Harris facilitait le transport forcé de Phlox vers une colonie klingonne afin d’aider à trouver un traitement curatif au virus « Klingon Augment » en échange d’une alliance mutuellement bénéfique .
Harris ordonna à Reed de ralentir les recherches de l’USS Enterprise jusqu’à ce que Phlox puisse trouver un traitement curatif. Reed a obtempéré, mais le capitaine Jonathan Archer et le commandant T’Pol ont découvert sa manipulation.
T’pol mena l’enquête en analysant les communication de Reed, ce qui lui permis de découvrir qu’il etait en communication avec Harris. Reed mis devant le le fait accomplis il n’eu d’autre choix que d’avouer, ce qui blessa le capitaine qui avait une confiance aveugle en lui. Afin de prouver sa loyauté enver le capitaine et l’equipage de l’enterprise, Reed trahit Harris en dévoilant les plant d’harris à Archer.
En 2155 , Harris accepta de fournir des renseignements sur le groupe terroriste Terra Prime au capitaine de l’entreprise. Ce qui permis de découvrir que Terra Prime essayait de perturber la création de la Coalition des Planètes et de conduire tous les non-humains en dehors du Système Sol . Harris laissa entendre à Reed que cette information aurait un prix, qu’elle exigerait plus tard..

23ème siècle et Kelvin timeline
Au cours des années 2250 , il était connu que la section 31 utilisait une version noire de l’ insigne de Starfleet . Ils se vantaient d’être beaucoup plus débrouillard que Starfleet.
Kelvin Timeline
Dans la réalité alternative , la section 31 était dirigée par l’amiral Alexander Marcus et disposait d’une base située sous les archives du Kelvin Memorial à Londres .
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À la suite de la destruction de Vulcain et de l’attaque ultérieure du Narada contre la Terre en 2258 , la section 31 commença à explorer des moyens de défense plus directs, en particulier contre l’empire Klingon. En explorant des régions inconnues de l’espace, ils ont découvert le SS Botany Bay , avec des ogmentés issus des guerre Eugnéiques toujours en cryostase .
Marcus réveilla Khan Noonien Singh et l’a recruté sous le pseudonyme de « John Harrison », utilisant son intelligence et ses connaissance guérierres pour développer des systèmes d’armement avancés. Alors que soixante-douze autres Augmentés étaient toujours bloqués et sous le contrôle de la Section 31.
Khan a collabora à la construction d’un navire de classe Dreadnought , l’ USS Vengeance , à l’ installation Io, près de Jupiter . Il a également conçu des torpilles avancées à longue portée , dans lesquelles il a tenté de faire passer clandestinement son équipage, mais son plan a été découvert et il a été forcé de fuir.

En supposant que Marcus avait mit sa menace vis-à-vis de son équipage à exécution, Khan tenta de se venger et fit chanter Thomas Harewood pour qu’il fasse exploser les Archives avant d’attaquer le siège de Starfleet , puis de s’enfuir vers Qo’noS avec un appareil de transfert de transwarp portable qu’il avait récupéré de la base de Londres.
Marcus tenta de dissimuler le complot, tout en utilisant les événements à son avantage, en assignant à l’ USS Enterprise de tirer les torpilles à longue portée sur l’emplacement de Harrison avec les Augmentés toujours à l’intérieur.
Il fit saboter les moteur warp de l’enterprise pour que celui ci s’échoue dans la zone neutre afin que des patrouilles Klingons puisse attaquer et détruire l’enterprise. Ceci donnerait à la Fédération une raison d’entrer en guerre avec les Klingons.
James T. Kirk contraria les plans de l’amiral en arrêtant Khan au lieu de l’exécuter, ce qui permis a Kirk d’apprendre la vérité sur la section 31.

Marcus tenta de détruire l’ Enterprise avec la Vengeance lors de leurs voyage vers la terre , mais le sabotage de Montgomery Scott et une équipe d’arraisonnement composée de Kirk et Khan ont permis de déjouer les plans de la Section 31. Khan tua l’amiral puis écrasa le Vengeance sur le quartier général de Starfleet, tuant vraisemblablement tout le personnel de la Section 31 qui etait a bord du vengeace.
24ème siècle
En 2374 , la section 31 tenta de recruter le médecin chef de la station spatiale Deep Space 9 , le docteur Julian Bashir , après l’avoir soumis à des tests psychologiques sur le holodeck d’un navire sur lequel il avait été enlevé. Soumettant Bashir à une tromperie complexe destinée à tester sa loyauté envers la Fédération, Luther Sloan, agent de la Section 31, se présenta à Bashir en tant que directeur adjoint des Affaires internes de Starfleet et plaça Bashir dans un scénario dans lequel il était apparemment passé pour le Dominion . Finalement, Sloan fut convaincu de la loyauté de Bashir et lui offrit un poste au sein de la Section 31.

Bashir, consterné par l’idée d’une organisation qui ne rendrait des comptes à personne, violait régulièrement les principes mêmes et les valeurs fondamentales sur lesquels la Fédération avait été fondée, a décliné l’offre de Sloan, bien que la section 31 ait continué à le considérer comme un atout potentiel. Après le retour de l’agence dans Deep Space 9, Bashir a alerté les principaux responsables de la station, notamment son commandant, le capitaine Benjamin Sisko , ainsi que le major Kira Nerys, officier de la milice bajorane, et l’ agent Odo. – de l’existence de l’article 31 et de sa tentative de le recruter. Sisko a conseillé à Bashir d’accepter l’offre de la Section 31 de les rejoindre, s’ils le demandent à nouveau, afin que Bashir puisse espionner l’organisation pour Sisko.
Au milieu de 2375 , Sloan refait surface et chargea Bashir de diagnostiquer la santé de Koval , président du Tal Shiar, lors d’une prochaine conférence sur Romulus . Dans le cadre de ses efforts pour dénoncer la section 31, Bashir découvrit qu’il avait été manipulé par Sloan pour convaincre la sénatrice romulienne Kimara Cretak d’accéder à la base de données personnelle de Koval, sachant que la section 31 envisageait d’ assassiner Koval. Cela a donné à Koval suffisamment de preuves pour faire arrêter et accuser Cretak de trahison , ce qui lui a valu de siéger au sein du puissant comité de suivi.. Bashir a appris que Koval était un agent de la Section 31 après avoir découvert la complicité de l’ amiral Starfleet William Ross dans ce stratagème.
Il semblait que la section 31 prévoyait ce qu’elle considérait comme une guerre probable avec l’ empire des étoiles romuliennes après la guerre du Dominion . L’agence prévoyait que le Dominion finirait probablement par se retrouver confiné dans le quadrant gamma avec l’ Union cardassienne occupée et laissée dans une impasse, et que l’ empire Klingon a dû passer au moins dix ans à reconstruire à partir des dégâts causés par la guerre Klingon-Cardassian , le Guerre Fédération-Klingon de 2372 à 2373 , et la guerre de Dominion elle-même. La Section 31 considérait Cretak comme une menace potentielle pour la Fédération dans le quadrant Alpha d’ après-guerre., comme sa principale loyauté vis-à-vis des intérêts de Star Empire, alors que l’on pouvait compter sur Koval pour influencer Romulus en faveur de la Fédération.
L’amiral Ross a tenté de défendre ses actions contre Bashir en déclarant que le coût élevé de la guerre justifiait les mesures extrêmes prises, mais Bashir a refusé de concéder que les fins justifiaient les moyens. Ross répondit en renvoyant Bashir de son bureau et en lui interdisant de répéter et de reconnaître leurs conversations.

Plus tard dans l’année, alors qu’il effectuait des recherches sur le virus morphogénique qui ravageait Great Link et Odo, Bashir découvrit que la section 31 avait en fait manipulé la maladie et avait délibérément infecté Odo lors d’une visite à Starfleet Medical trois ans auparavant , dans le but de neutraliser la menace posées par les fondateurs et le dominion. Malgré le risque qu’un remède contre la maladie atteigne les Changelings et qu’ils ne les renforcent donc pas, ils continuent également le traitement génocidaire.Après la guerre qu’ils avaient déclenchée, Bashir décida de poursuivre l’affaire et de trouver un remède pour aider Odo. Il a attiré Sloan vers Deep Space 9 avec de fausses déclarations selon lesquelles il aurait développé un traitement curatif. Sloan, attaché à la défense des intérêts de la Fédération et de Starfleet à tout prix, s’est suicidé pour tenter d’empêcher la découverte du remède, tuant presque Bashir et le chef Miles O’Brien dans le même temps. Incapables de le faire revivre, Bashir et O’Brien ont eu recours à un interprète engrammatique multitronique pour relier leurs esprits à ceux de Sloan, afin de récupérer finalement les informations avant que les blessures au cerveau subies par Sloan ne lui fassent une mort cérébrale
Après la découverte de la cure, le conseil de la fédération décida de ne pas la partager avec les fondateurs, ce que Odo assimila à l’incitation au génocide. Le traitement a ensuite été donné à la femme changelante par Odo comme condition pour la reddition de ses forces et la fin de la guerre. Ces événements ont ruiné le plan de l’organisation visant à éradiquer les fondateurs. La reddition du Changeling a mis fin à la guerre et a permis aux fondateurs de vivre. Odo est finalement retourné au Grand Lien pour distribuer le remède au reste des Fondateurs, sauvant ainsi son peuple
